Lembaga atau institution merupakan wadah untuk mengemban tugas dan fungsi tertentu dalam rangka mencapai tujuan tertentu. Oleh karena itu, keberadaan “lembaga desa” merupakan wadah untuk mengemban tugas dan fungsi pemerintahan desa (dimana tugas dan fungsi pemerintahan desa merupakan derivasi atau uraian lebih lanjut dari kewenangan desa) untuk mencapai tujuan penyelengaraan pemerintahan desa. Tujuan penyelenggaraan pemerintahan desa adalah meningkatkan kesejahteraan masyarakat, sehingga tugas pemerintah (termasuk Pemerintah Desa) adalah pemberian pelayanan (services), pemberdayaan (empowerment), serta pembangunan (development) yang seluruhnya diabdikan bagi kepentingan masyarakat.
Istilah “lembaga” seringkali dipertukarkan dengan istilah “organisasi”, meskipun kedua istilah tersebut (lembaga dan organisasi) dapat dibedakan secara teoritis. Penggunaan terminologi ”lembaga” yang dipertukarkan dengan terminologi ”organisasi” adalah hal yang layak, mengingat kelembagaan desa senantiasa tampil dalam sosok”organisasi pemerintahan desa”.
Secara teoritis, para ahli administrasi menyatakan bahwa organisasi adalah suatu sistem dari aktivitas-aktivitas orang yang terkoordinasikan secara sadar atau kekuatan-kekuatan yang terdiri dari dua orang atau lebih. Bisa pula organisasi adalah pengelompokkan orang-orang yang sengaja disusun untuk mencapai tujuan tertentu. Atau organisasi adalah sistem saling pengaruh antar orang dalam kelompok yang bekerjasama untuk mencapai tujuan tertentu. Dari definisi yang sederhana ini dapat diketemukan adanya berbagai faktor yang dapat menimbulkan organisasi, yaitu orang-orang, kerjasama, dan tujuan tertentu. Berbagai faktor tersebut tidak dapat saling lepas berdiri sendiri, melainkan saling terkait merupakan suatu kebulatan. Maka dalam pengertian organisasi digunakan sebutan ”sistem” yang berarti kebulatan dari berbagai faktor yang terikat oleh berbagai asas tertentu.
Di dalam suatu organisasi senantiasa terdapat struktur organisasi yang jelas, sehingga organisasi adalah struktur dan peralatan yang tersusun dari orang-orang dan benda-benda dengan mana suatu usaha berencana yang teratur dijalankan. Di dalam kehidupan organisasi senantiasa terjadi hubungan kerja antar unit-unit kerja dalam organisasi itu, bahkan terjadi pula hubungan kerja dengan organisasi-organisasi lainnya.
Dengan demikian dapat disimpulkan bahwa organisasi adalah sistem saling pengaruh antar orang dalam kelompok yang bekerjasama untuk mencapai tujuan tertentu, yang ditata dalam satuan unit kerja dengan struktur tertentu, dan terdapat hubungan kerja antar unit-unit kerja tersebut.
Sedangkan pengertian lembaga lebih menunjuk pada sesuatu bentuk, sekaligus juga mengandung mana yang abstrak. Karena dalam pengertian lembaga juga mengandung tentang seperangkat norma-norma, peruturan-peraturan yang menjadi ciri lembaga tersebut. Lembaga merupakan system yang kompleks yang mencangkup berbagai hal yang berhubungan dengan konsep sosial, psikologis, politik dan hukum.
Konsep lembaga/ kelembagaan telah banyak dibahas dalam sosiologi, antropologi, hukum dan politik. Dalam bidang sosiologi dan antropologi kelembagaan banyak di tekankan pada norma, tingkah laku maupun adat istiadat. Dalam ilmu politik kelembagaan banyak ditekankan pada aturan main, kegiatan kolektif untuk kepentingan bersama. Sedangkan dari ilmu hukum melihatnya dari sudut hukum atau regulasinya serta istrumen dan litigasinya. Berdasarkan hal tersebut beberapa ahli menyatakan bahwa ternyata lembaga lebih dari organisasi. Lembaga tidak selalu memiliki kantor, orang dan peraturan. Lembaga di dalam masyarakat merupakan kumpulan dari hukum-hukum atau aturan yang ditaati oleh masyarakat demi mencapai suatu tujuan tertentu yang merupakan kepentingan masyarakat.
Menurut Undang-Undang Nomor 6 Tahun 2014 tentang Desa, terdapat 6 (enam) lembaga di desa, yakni:Pemerintah Desa (Kepala Desa dan Perangkat Desa);
- Badan Permusyawaratan Desa;
- Lembaga Kemasyarakatan;
- Lembaga Adat;
- Kerjasasama Antar Desa; dan
- Badan Usaha Milik Desa.
Dalam menyelenggarakan pembangunan desa, desa mendayagunakan lembaga lembaga tersebut untuk pelaksanaan fungsi penyelenggaraan Pemerintahan Desa, pelaksanaan pembangunan Desa, pembinaan kemasyarakatan Desa, dan pemberdayaan masyarakat Desa.
Masing-masing lembaga desa tersebut memiliki kedudukan, tugas dan fungsi tertentu dalam konstruksi penyelenggaraan pemerintahan desa, yakni:
- Kedudukan suatu lembaga desa mencerminkan peran yang akan diemban oleh lembaga desa tersebut; dan
- tugas dan fungsi setiap lembaga desa merupakan derivasi atau uraian lebih lanjut dari kewenangan desa, sehingga seluruh kewenangan desa dapat diselenggarakan secara efektif oleh lembaga-lembaga desa tersebut.
Kejelasan pembagian tugas antar lembaga desa yang bersumber dari satu kesatuan sistemik kewenangan desa, akan melahirkan bentuk-bentuk hubungan kerja antara lembaga-lembaga desa tersebut.